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　　世界范圍內(nèi)，柏科包含32屬大約140種。最近的分子系統(tǒng)學(xué)研究將柏科分為7個(gè)亞科，其中柏亞科是柏科最大的一個(gè)亞科，包含13屬大約100種。柏亞科物種在北半球森林中是非常重要，有許多建群種和優(yōu)勢(shì)種，其中許多種為重要木材。 

　　柏亞科屬間系統(tǒng)關(guān)系大部分已經(jīng)被解析，但三分支Juniperus（J）、Cupressus（C）和Hesperocyparis-Callitropsis-Xanthocyparis（HCX）之間的系統(tǒng)關(guān)系長(zhǎng)久以來(lái)還存在爭(zhēng)議。中國(guó)科學(xué)院昆明植物研究所伊廷雙研究組、李德銖研究組和臺(tái)灣中央研究院生物多樣性研究中心的趙淑妙研究組合作，基于22個(gè)物種的葉綠體基因組數(shù)據(jù)重建了柏亞科系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系并探討了葉綠體基因組結(jié)構(gòu)進(jìn)化。研究結(jié)果如下：利用葉綠體蛋白編碼基因構(gòu)建的矩陣進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育重建，初步揭示了J和C兩個(gè)分支具有比分支HCX更長(zhǎng)的枝長(zhǎng)。分化時(shí)間估算表明三分支在短時(shí)間內(nèi)（1.15 My）快速分化，分支間短枝長(zhǎng)和分支的長(zhǎng)枝長(zhǎng)容易造成長(zhǎng)枝吸引現(xiàn)象，可能是導(dǎo)致三分支系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系難以解析的主要原因。通過(guò)移除比對(duì)不可靠的區(qū)域、刪除替換飽和基因以及去除快速演化位點(diǎn)這三種數(shù)據(jù)矩陣過(guò)濾方法能夠顯著的縮短分支J和C的枝長(zhǎng)，并且支持J（C，HCX）。運(yùn)用溯祖系統(tǒng)發(fā)育重建方法能夠有效減輕長(zhǎng)枝吸引，也獲得J（C，HCX）。一些對(duì)其它類(lèi)群有效減輕長(zhǎng)枝吸引影響的方法并不適用于柏亞科三分支。研究結(jié)果說(shuō)明，減輕系統(tǒng)發(fā)育重建中長(zhǎng)枝吸引影響時(shí)，不同的類(lèi)群需要綜合考慮和評(píng)判不同的方法。三分支系統(tǒng)關(guān)系的解決為研究困難類(lèi)群系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系提供了范例和思路。該研究以“Multiple measures could alleviate long-branch attraction in phylogenomic reconstruction of Cupressoideae (Cupressaceae)”為題發(fā)表在Scientific Reports上?！?/span>文章鏈接 

　　系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)一方面是用組學(xué)數(shù)據(jù)重建系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系，另一方面是在系統(tǒng)發(fā)育框架下探討基因組的演化。柏亞科葉綠體基因組具有多樣化的結(jié)構(gòu)變異，是探討葉綠體基因組結(jié)構(gòu)變異演化模式以及相關(guān)驅(qū)動(dòng)因素的好材料。柏亞科葉綠體基因組的結(jié)構(gòu)變異進(jìn)行了深入研究。研究結(jié)果如下：半定量PCR和讀長(zhǎng)比對(duì)共同驗(yàn)證了柏亞科已測(cè)10種有8種共存同分異構(gòu)體，推測(cè)是反向重復(fù)序列trnQ-IR通過(guò)同源重組方式介導(dǎo)產(chǎn)生的。在翠柏Calocedrus macrolepis中發(fā)現(xiàn)一種新的同分異構(gòu)類(lèi)型，可能是由11bp的反向重復(fù)序列通過(guò)同源重組方式介導(dǎo)產(chǎn)生的。柏亞科4個(gè)種9個(gè)居群176個(gè)個(gè)體中檢測(cè)到同分異構(gòu)體的存在。研究結(jié)果說(shuō)明，同分異構(gòu)體的普遍共存以及同分異構(gòu)主要和次要構(gòu)型之間相對(duì)含量的轉(zhuǎn)變，共同促進(jìn)了柏亞科葉綠體基因組結(jié)構(gòu)變異的多樣化。柏亞科同分異構(gòu)葉綠體基因組的研究擴(kuò)展了人們對(duì)于植物中葉綠體基因組結(jié)構(gòu)變異的認(rèn)識(shí)。該研究以“Insights into the existence of isomeric plastomes in Cupressoideae (Cupressaceae)”為題發(fā)表在Genome Biology and Evolution上。文章鏈接 

　　研究得到了國(guó)家重大科學(xué)研究計(jì)劃項(xiàng)目（2014CB954100）、iFlora 交叉合作團(tuán)隊(duì)（31129001)、云南省應(yīng)用基礎(chǔ)研究基金（2014GA003）、云南省人才項(xiàng)目（2011CI042）以及臺(tái)灣科技部研究基金（MOST 103-2621-B-001-007-MY3）的資助。 

　　圖1 OV-sorting分析。 

　　圖2 基于數(shù)據(jù)矩陣PCG-Iss-73構(gòu)建的柏亞科最大似然樹(shù)。 

　　圖3 柏科22個(gè)類(lèi)群的葉綠體基因組構(gòu)型比較。 

　　圖4 翠柏個(gè)體內(nèi)同分異構(gòu)葉綠體基因組構(gòu)型IPWC和IPWD的檢測(cè)。