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科研進展

Natural Object Identifier · 自然索引發(fā)布

文章來源:中國科學院東亞植物多樣性與生物地理學重點實驗室  |  發(fā)布時間:2021-08-24  |  作者:徐洲鋒  |  瀏覽次數(shù):  |  【打印】 【關(guān)閉

 

  “如果每位研究者,在使用一個物種學名時都能夠附上參考文獻,那么分類學一定會是影響因子最高的學科之一”,圈子里時??梢月牭竭@樣的牢騷。在自然科學的發(fā)生發(fā)展過程中,對事物性質(zhì)的區(qū)分與對事物變化規(guī)律的研究,一直是相輔相成、難分伯仲的。這一點不管是在不同層次的自然對象研究之中,還是在脫離了具體研究實體的純粹數(shù)學領(lǐng)域均是如此。因此對于物種的分類,特別是那些有賴于主觀經(jīng)驗的分類,當前的挑戰(zhàn)主要還是來自于量化研究的困難。尤其是進行多維度、大規(guī)模數(shù)據(jù)的信息提取和分析一直是相關(guān)領(lǐng)域協(xié)力而為的目標。其中,如何解決計算機在系統(tǒng)內(nèi)和系統(tǒng)間發(fā)現(xiàn)、識別、訪問、重用生物多樣性數(shù)據(jù),則是在宏觀層面上與這一目標最為相關(guān)的基礎(chǔ)課題。Natural Object Identifier · 自然索引(以下簡稱 NOI)就是針對這一問題的一次嘗試。 

  1. NOI的理念是All Link Togather 

  植物分類學家經(jīng)常需要盡可能的訪問多個站點,以便查閱更多的數(shù)字標本。這就像所有的內(nèi)容被寫在了不同的書籍上,我們必須逐本翻看,才可以獲得完整的信息。NOI 的目標則是為這些書籍建立一個統(tǒng)一的索引,通過這一索引(https://noi.link),用戶不僅可以一次性檢索多個站點的資源,還可以借助地址映射,直接訪問到源站點中相應資源的詳細內(nèi)容。通過索引而非數(shù)據(jù)的聚合,NOI 有效規(guī)避了數(shù)據(jù)管理和數(shù)據(jù)權(quán)屬難以統(tǒng)一的問題,從而為跨機構(gòu)、跨平臺的資源發(fā)現(xiàn)與訪問、標識和評價創(chuàng)造了可能。

 

NOI 官方網(wǎng)站 https://noi.link 

  截止目前,通過各方合作,NOI 首期上線的資源,聚合了包括中國數(shù)字植物標本館(CVH)、中國科學院昆明植物研究所標本館(KUN)、生命觀察(Biotracks)、國家重要野生種質(zhì)資源庫(GBOWS)、國家標本平臺(NSII)等國內(nèi)在線平臺近 190 萬條植物標本、物種觀察記錄和活體材料的信息索引。同時,基于各類知識共享協(xié)議,我們還收集包括英國皇家植物園標本館(K)、英國愛丁堡植物園標本館(E)、美國史密森自然歷史博物館(US)、巴黎自然歷史博物館(P)、密蘇里植物園(MO)等境外機構(gòu)收藏的40多萬份中國植物標本的信息(含諸多模式)。

  NOI 為這些資源總共分發(fā)了 229 萬個 NOI 號,未來我們還將繼續(xù)與各方密切合作,不斷提高資源索引量。

  2. NOI 是一個資源標識平臺  

  類似于 DOI,NOI 中的每份資源,都會獲得一個用于身份標識的資源標識符(比如 NOI:668517),每一個標識符都有一個持久的、全球唯一的 URL 鏈接(比如https://noi.link/NOI:668517),該鏈接將永久的指向該 NOI 指代的資源。同時,用戶在 NOI 上查看資源時 NOI 還可以為每份資源生成一個規(guī)范的文獻引文,比如下面這一份來自于 KUN 的 1208714 號標本的文獻引文:

  楊增宏, 95-1473. 1995-04-01. 中國, 云南省, 文山壯族苗族自治州, 麻栗坡縣. 昆明: 中國科學院昆明植物研究所標本館, 2020-12-04T14:39:40+08:00. https://noi.link/NOI:668517 

  不同于 DOI 的層級碼,NOI 采用雙碼制。即一份資源可以有兩個唯一編碼。其中一個編碼是 NOI 平臺主動分配給對象的 NOI 碼;另一個為資源發(fā)布者注冊時提交的編碼,該編碼同樣需要確保全球唯一性。對于植物標本館,我們推薦使用“國際標本館代碼:內(nèi)部唯一編號”組成,其中唯一編號建議盡可能使用已經(jīng)條形碼化的編號,以降低人工編排和轉(zhuǎn)錄出錯的概率。對于資源的引用,兩個編碼是等效的,比如對于上個引文,下方引文是完全等同的:

  楊增宏, 95-1473. 1995-04-01. 中國云南省文山壯族苗族自治州麻栗坡縣昆明中國科學院昆明植物研究所標本館, 2020-12-04T14:39:40+08:00. https://noi.link/KUN:1208714 

  兩個引文中, 第一個引文的 NOI 號是由 NOI 分發(fā),不可改寫,因此可以保證絕對穩(wěn)定;第二個引文中的機構(gòu)資源編碼,則是由機構(gòu)分配,錯誤時可以改寫,因此只能保證相對穩(wěn)定。任何時候,雙碼一一對應,都可以指向同一對象。因此前者更適合作為長期引用使用,后者更適合機構(gòu)內(nèi)部使用(如果對內(nèi)部編碼體系有足夠的信心,也可以直接將其作為穩(wěn)定的鏈接推薦給外部人員使用)。

  除此之外,雙碼制還可以很好的兼顧異步分碼的需求,在資源未被真實注冊時,可以利用內(nèi)部碼先生成引用鏈接(比如 https://noi.link/KUN:1208714),在完成 NOI 注冊之后這些鏈接即可被激活使用,而同一資源通過不同平臺注冊NOI,內(nèi)部碼的存在也可以保證不同資源提交的索引都可以指向同一個NOI。

  3. NOI 是一個引文生成平臺 

  NOI 不僅可以生成引文,還可以將多個引文打包為 BibTex 文件,該文件可以被導入到常用的文獻管理軟件中,從而可以像管理文獻一樣管理標本資源。

 

導入 Papers 文獻管理軟件中的標本索引,你可以像普通文獻一樣將其插入到自己撰寫的論文之中 

  除此之外,NOI 同樣支持將多條記錄合并為單個合集。合集會有自己的訪問頁面、標識符和文獻引文。不同于單條記錄的標識符前綴為 NOI, 在 NOI 中合集和數(shù)據(jù)集的標識符前綴為 NOISET,而合集的文獻引文內(nèi)容則會根據(jù)合集創(chuàng)建者的身份信息自動生成。

 

這里演示了將多份杜鵑花屬模式標本合并為一個合集,該合集具有唯一的 NOISET 標識符和訪問鏈接,同時還會生成規(guī)范的文獻引文: 

徐洲鋒. Type Of Rhododendron. 中國科學院昆明植物研究所. 2021-01-17T23:36:25+08:00.https://noi.link/NOISET:1 

  4. NOI 是一個 1+1 > 2 的平臺  

  NOI 既可以為普通用戶提供多個站點的資源訪問和標記服務(wù),也同樣歡迎更多的組織和機構(gòu)加入 NOI。NOI 的專題賬戶可用于特定專題、課題組、學術(shù)群體、自然觀察組織的注冊。這些賬戶不僅能夠批量注冊、檢索、更新和利用 NOI 索引,還可以將賬戶的名稱作為文獻引文的組成部分,以被其他用戶引用。對于缺乏程序適配能力的專題賬戶,我們還會為相關(guān)成員提供數(shù)據(jù)清洗、轉(zhuǎn)換和裝載等方面的程序工具,這些工具不僅可以協(xié)助用戶注冊 NOI, 還可以簡化生物多樣性相關(guān)的數(shù)據(jù)工作。

  在 NOI 上設(shè)立專題,其實是相互增益的,這主要體現(xiàn)在:

  (1)對于尚無在線平臺以承載自身數(shù)據(jù)的組織或團體,可以借助 NOI 宣傳自己,并對外提供數(shù)據(jù)服務(wù)。

 ?。?)對于中小型數(shù)據(jù)平臺,資源的直接訪問量通常是比較有限的。借助 NOI 將其與其他平臺的索引匯集在一起,信息的規(guī)模和維度都會互相得到加強,相應平臺的訪問流量和服務(wù)價值必然會同步得到提升。

 ?。?)實現(xiàn)索引而非數(shù)據(jù)的聚合,也為國內(nèi)未來生物多樣性數(shù)據(jù)的真正匯集創(chuàng)造了一個良好的緩沖,并將促使領(lǐng)域更多的關(guān)注學科更深層次的需求,因此從長遠來看會有利于國內(nèi)生物多樣性信息學平臺的發(fā)展,也是對目前各類國字號平臺的有益補充

  5. NOI 是一個注重個人價值的平臺 

  對于個人賬戶,受限于數(shù)據(jù)權(quán)責,目前僅支持將個人開發(fā)和整理的各類軟件和數(shù)據(jù)集的摘要發(fā)布到 noi.link。這些軟件或數(shù)據(jù)集可以是已經(jīng)發(fā)布到期刊上的,也可以是尚未發(fā)布的。其他用戶可以在網(wǎng)站上瀏覽、引用和下載這些資源,或者通過聯(lián)系方式,獲取資源。除此之外,個人賬戶還能夠搜索、收藏、管理、分享和引用其他資源索引。NOI 未來也會為個人用戶提供更多的擴展服務(wù)。

  6. NOI 是誰資助的 

  NOI 由國家標本平臺(NSII)、國家重要野生植物種質(zhì)資源庫(GBOWS)聯(lián)合資助。

(責任編輯:李雪)

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