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　　草莓 (Fragaria)具有重要的經(jīng)濟(jì)和營養(yǎng)價(jià)值?，F(xiàn)代八倍體栽培草莓 (F. × ananassa) 起源于兩個(gè)八倍體野生種弗州草莓 (F. virginiana)和智利草莓 (F. chiloensis) 的種間雜交。然而，由于草莓屬系統(tǒng)發(fā)育解析涉及未知的祖先，同源染色體交換和不完全譜系分選等問題，學(xué)術(shù)界至今對八倍體草莓的二倍體祖先的問題仍存在較大的爭議。此外，對于八倍體草莓在馴化過程中的亞基因組的同源偏向性表達(dá)及轉(zhuǎn)變模式并不明確。

　　近日，中國科學(xué)院昆明植物研究所中國西南野生生物種質(zhì)庫云南省作物野生近緣種現(xiàn)代組學(xué)朱安丹專題組深入解析了八倍體草莓的起源和遺傳分化特征。該研究提出了一套適用于多倍體的ALLHiC迭代掛載流程，構(gòu)建了兩個(gè)八倍體野生草莓智利草莓 (F. chiloensis)和弗州草莓 (F. virginiana)染色體水平的高質(zhì)量分型基因組。基于kmer-based的方法完成了八倍體草莓亞基因組的分離，并在此基礎(chǔ)上采用不同的分析方法(如phylogeny-free, genetic distance matrix等)重新追溯了八倍體草莓的二倍體祖先，研究糾正了國外學(xué)者在亞基因組分配上錯(cuò)誤，并進(jìn)一步確定森林草莓 (F. vesca)和飯沼草莓 (F. iinumae)是八倍體草莓是現(xiàn)存的二倍體祖先種。研究還探討了八倍體草莓在馴化過程中的同源偏向性表達(dá)分化，并基于空間四聯(lián)體方法完成了八倍體草莓的靜態(tài)和動(dòng)態(tài)的同源偏向性分析，并鑒定到了一些重要的轉(zhuǎn)錄因子在馴化過程中發(fā)生了表達(dá)偏倚/轉(zhuǎn)變。

　　研究成果以Haplotype-resolved genomes of wild octoploid progenitors illuminate genomic diversifications from wild relatives to cultivated strawberry為題，在國際期刊Nature Plants上在線發(fā)表，中國科學(xué)院昆明植物研究所博士生金鑫為論文的第一作者。中國科學(xué)院昆明植物研究所朱安丹研究員、美國內(nèi)布拉斯加大學(xué)Jeffrey P. Mower教授和云南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院花卉研究所阮繼偉研究員為論文的共同通訊作者。本研究得到了國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃(2018YFD1000107)、國家自然科學(xué)基金(批準(zhǔn)號:31860534)等項(xiàng)目的資助。

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